Q. NGS DNA shearing에 대해 궁금하게 있습니다.
알 분자실험 (대학원생)  |  2019.12.05 22:37

안녕하세요. 이번에 NGS를 처음 접하는 학생입니다.

 

연구실에서 NGS를 처음 진행하게 되어, 장비부터 마련해야 되는 상황입니다.

일단 DNA shearing을 위해 Sonicator를 구입하려고 합니다.

DNA는 300~500 bp 정도로 분쇄되면 된다고 합니다.

여러 제품을 알아봤는데, 기본 1000만원부터 NGS전용 제품은 3000만원 이상 든다고 합니다.

 

여기서 궁금한 점은 1000만원 대 제품과 3000만원 대 제품의 큰 차이점은 무엇인가요?

단순히 프로그래밍 가능 여부나 편리함 등의 차이일까요?

제가 알아본 제품은 Q500, Q700, Q800R3, Covaris, Bioruptor 등이 있습니다.

혹시 추천하시는 제품있으시면, 말씀해주시면 감사하겠습니다!

주소복사
A. 답변 (3)
BlackSmile  |  2019.12.05 23:10

제가 예전에 있던 실험실에서는 Bioruptor제품을 사용했었습니다.

ON/OFF cycle의 second와 cycle수 조절을 통해서 원하는 size의 DNA로 fragmentation을 할 수 있습니다.

 

그리고, 기계가 생각보다 비싸다고 생각이 들면 Protein extraction할 때 Cell lysate를 만들기 위해 사용하는 일반적인 Sonicator로도 Sequencing용 DNA fragment를 만들 수 있습니다.

DNA solution에 sonicator로 ON 5sec / OFF 5sec로 sample당 3~4분정도 하면 150~200bp 정도의 DNA fragment를 만들어서 NGS를 보낸 적이 있었습니다. Sonicator가 싸긴 하지만 ice에 박아놓고 계속해서 지켜봐야하는 불편함이 있으니 이 점 참고바랍니다.

0
분자실험  |  2019.12.06 11:03
답변 감사합니다^^
0
ㅅㄹㅇ  |  2019.12.10 10:11

코바리스 사세요.

원하는 사이즈로 잘 잘립니다.

0
<본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, BRIC에서 추가적인 검증과정을 거친 정보가 아님을 밝혀드립니다.>
프리미엄 할인행사
HOME   |   이용약관   |   개인정보처리방침
© BRIC