BioWave  Vol. 20 No. 6
건국대학교 생물정보학연구실 김재범 교수
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실험실 소개  
최근 다양한 생명공학 기술의 발전으로 대량의 바이오 데이터를 저비용으로 빠르게 생산할 수 있게 되었습니다. 이렇게 생산된 바이오 빅데이터를 분석하여 유용한 정보를 추출하는 작업은 실험만으로는 해결하기 힘든 다양한 바이오 분야 문제 해결을 위해 필수적인 과정입니다. 생물정보학(Bioinformatics)은 생물학, 전산학, 통계학 등 다양한 분야의 지식과 기술을 융합하여 바이오 빅데이터로부터 복잡하고 어려운 생물학의 다양한 문제들을 해결하고자 하는 학문 분야입니다. 2012년도에 문을 연 건국대학교 생물정보학연구실에서는 차세대시퀀싱(Next-Generation Sequencing) 데이터를 기반으로 고성능 유전체 어셈블리 기법 개발, 비교유전체(Comparative Genomics) 기법을 활용한 유전체 특성 분석 등의 다양한 연구를 수행하고 있으며 BT와 IT기술을 고루 겸비한 생물정보학 분야 차세대 융합 인재를 양성하고 있습니다.
연구내용  
차세대시퀀싱 데이터(2세대 short read 및 3세대 long read, linked read, Hi-C 등) 및 참조유전체(Reference Genome)를 활용한 고품질 유전체 어셈블리(Genome Assembly) 및 분석 알고리즘 개발
동물 유전체 어셈블리 해독 연구
조상 유전체 복원(Ancestral Genome Reconstruction) 알고리즘 개발
대규모 유전체 비교 분석을 통한 유전체 진화(Genome Evolution) 연구
다양한 바이오 빅데이터 시각화 어플리케이션(Visualization Application) 개발
집단유전체(Population Genome) 분석
메타유전체(Metagenome) 분석 알고리즘 개발
연구성과  
2015년 이후 주요 연구논문들(2018년 5월 현재)

  • Kwon D, Lee D, Kim J, Lee J, Sim M, and Kim J (2018)
    INTERSPIA: a web application for exploring the dynamics of protein-protein interactions among multiple species.
    Nucleic Acids Research

  • Lee D, Lim D, Kwon D, Kim J, Lee J, Sim M, Choi BH, Choi SG, and Kim J (2017)
    Functional and evolutionary analysis of Korean bob-tailed native dog using whole-genome sequencing data.
    Scientific Reports, 7:17303

  • Kim J, Farre M, Auvil L, Capitanu B, Larkin DM, Ma J, and Lewin HA (2017)
    Reconstruction and evolutionary history of eutherian chromosomes.
    PNAS, 114(27):E5379-E5388

  • Rhee J, Choi B, Kim J, Kim B, Lee Y, Kim I, Kanamori A, Choi I, Schartl M, Lee J (2017)
    Diversity, distribution, and significance of transposable elements in the genome of the only selfing hermaphroditic vertebrate Kryptolebias marmoratus.
    Scientific Reports, 6:40121

  • Ko Y, Cho M, Lee J, Kim J (2016)
    Identification of disease comorbidity through hidden molecular mechanisms.
    Scientific Reports, 6:39433

  • Lee D, Cho M, Hong WY, Lim D, Kim HC, Cho YM, Jeong JY, Choi BH, Ko Y, and Kim J (2016)
    Evolutionary Analyses of Hanwoo (Korean Cattle)-Specific Single-Nucleotide Polymorphisms and Genes Using Whole-Genome Resequencing Data of a Hanwoo Population.
    Molecules and Cells, 39(9):692-698

  • Lee J, Hong WY, Cho M, Sim M, Lee D, Ko Y, and Kim J (2016)
    Synteny Portal: a web-based application portal for synteny block analysis.
    Nucleic Acids Research, 44(W1):W35-W40

  • Choi M, Lee J, Le MT, Nguyen DT, Park S, Soundrarajan N, Schachtschneider KM, Kim J, et al. (2015)
    Genome-wide analysis of DNA methylation in pigs using reduced representation bisulfite sequencing.
    DNA Research, 22(5):343-55

  • Lee J, Lee H, Hong WY, Jang E, and Kim J (2015)
    FCMM: A comparative metagenomic approach for functional characterization of multiple metagenome samples.
    Journal of Microbiological Methods, 115:121-128

  • Sim M, and Kim J (2015)
    Metagenome assembly through clustering of next-generation sequencing data using protein sequences.
    Journal of Microbiological Methods, 109:180-187

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    멤버사진
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      지도교수: 김재범

     박사과정 : 이대환, 심미강, 이종인
     석사과정 : 김주연, 권대홍, 문영빈, 박나영
     학사과정 : 위수연, 권기상
       (2018년 5월 현재)

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    등록 2018.05.23
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